El mismo se encuentra conformado por el lado interior de las dos escolleras, el espigón defensa y la defensa norte o ribera lado Quequén, sobre esta última se ubica un sitio no operativo, al que se puede ingresar a la espera de muelle de carga.

La profundidad alcanzada en todo el antepuerto es de 12,20 mts (40 pies).

Recinto Portuario
El recinto portuario lo componen ambas márgenes de Puerto Quequén. Sobre la margen Quequén se desarrolla el movimiento de mayor envergadura que son los embarques de granos, subproductos, aceites y madera en astillas (chips), donde se han emplazado las distintas terminales, debido a las características de corte agroindustrial de la ciudad de Quequén. En cambio del lado Necochea se desarrollan las actividades de Carga General, sobre todo las ligadas a la industria pesquera, exportación de madera, cemento e importación de fertilizantes.

Remolque
Es obligatorio el uso de remolques para buques de más de 75 mts de eslora, de acuerdo a disposiciones particulares de la reglamentación.

Sólo quedan exceptuados de su uso en ingreso, salida o movimiento, aquellos buques con amplitud para mabiobrar autónomamente en el interior del puerto, (remolcadores portuarios, de mar, dragas, supply, ships, etc.)