Mareas
Las mareas astronómicas del Puerto Quequén poseen amplitudes moderadas, presentando las mareas medias los siguientes valores por encima del cero portuario utilizado para la confección de relevamientos batimétricos y fijación de profundidades determinantes:
 

Por lo anterior se dispone un margen de agua de 1 pie en bajamar y 4 pies en pleamar por sobre los valores de las cartas náuticas, para programar movimientos de buques en la operativa portuaria.

Corrientes
La corriente dominante que resulta de la acción de los vientos de S y SW y de la mayor intensidad de la corriente de creciente con respecto a la de bajante, se hace sentir sobre el litoral en dirección de W a E.

A algunas millas de la costa, la intensidad de la corriente de marea varía de 0,5 a 1 nudo, llegando en el último período de variante a 2 nudos en la desembocadura del río.

Con tiempo bueno y poco viento, las corrientes de creciente y bajante son apenas perceptibles a lo largo de la costa.

Dentro del puerto en bajante es de aproximadamente 1 nudo.

Olas
En el sector exterior del canal de acceso (a la altura del morro de la escollera sur), las olas alcanzan alturas significativas de 0,5; 1,0 y 1,5 mts. durante el 42, 26 y 14% del tiempo respectivamente.

Recalada
Puerto Quequén se encuentra ubicado a 375 millas al sur de Buenos Aires.

El avistaje de Quequén se ve facilitado por la presencia del Faro y los elevadores de granos del puerto, los cuales se ven desde cualquier dirección, ya sea de día o de noche, por las luces que poseen los mismos.

La zona de espera para el ingreso a puerto, se halla a una distancia de 1 a 2 millas de la boca de entrada con 14 a 18 metros de agua, siendo casi todo el fondo de tosca con algunos manchones de arena pero de espesor insuficiente para que las anclas hagan cabeza, por lo que ante posibilidad de temporal con onda de mar de fondo, las embarcaciones deben dirigirse mar adentro para evitar guerreadas y alistarse para capear el mismo lejos de la costa.

La línea de rompientes se extiende muy próxima a la costa.

Acceso a puerto
La entrada al puerto se encuentra entre dos escolleras que encierran al puerto desde el SW y E y que dejan entre ambas un paso de 220 mts. aunque en la práctica el ancho del canal es de 120 mts.

La recalada para encarar el acceso al puerto, se halla bien servida por el Faro Quuquén, aproximadamente a 1500 mts al NE del extremo de la Escollera Norte; su señal luminaria es blanca con el destelleo cada 15 segundos y un alcance de 25,7 millas.

Una particularidad del balizamiento de este puerto es que a diferencia de la inmensa mayoría de los puertos del país no necesita bollado, ya que por su situación la señalización está basada en marcas fijas (balizas), sobre infraestructura de abrigo o instalaciones, con lo que se simplifica el mantenimiento del sistema.

Practicaje
Las características del puerto hacen absolutamente justificable el empleo del servicio de Practico para acceder a salir del mismo.